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日本とは何ぞや?

Y染色体の研究をもとに独自視点で想像を膨らませます。

Y染色体ハプログループD1b

D1bは、俗に縄文人と呼ばれる有史以前の日本人のルーツ、日本の代表的遺伝子です。
個人の意見としては、D1bは旧石器時代にはチベットから日本に渡ってきたと考えているので、縄文人という言葉に抵抗がありますが。
ここではD1b-M55の詳細なデータを扱います。
ただ、例えばDE*-YAP(xD1a1-M15)であったり、DE-YAPだけのような不十分な検査があり、D1b-M55は本来もっと検出されるはずです。ただD1b-M55とは限らないので、ここではD1bのマーカー、M55等が検出されたものだけを扱います。

目次
DE
E
D・D1・D2
D1a

【D1b】

移動開始時期・・・47,500~42,000年前*1
D1bへの変異・・・53,603*2~14,060年前*3
主なSNP・・・・・・・・・・・M64,M55,M57
日本人の割合・・・33.26*4~33.79*5%
日本は北海道が日本からほぼ別れており、本州・四国・九州は繋がっていた。6000年前から瀬戸内海、関門海峡が開通し今の形になった。北海道にいた縄文人、後にアイヌ民族となった人たちは85%、本州・四国・九州合計は808/2512=32.17%、沖縄諸島55.56%。
D1bは日本の他の固有ハプログループと違い、日本各地に満遍なく生息している。12,000年以上前は北海道と陸続きであった樺太0%(現在はロシア人83%、朝鮮人5.49%、次いでウクライナ人・タタール人・ヤクート・エヴェンキが11%、ニヴフ0.37%、オロチョン族0.14%が生息)や韓国1.58%、台湾0%と激減する。
D1b-M55全体
日本人1103/3316=33.26%(以下の下位サブクレード(Nonaka2007*6のその他10/29、日本列島とアイヌ、Soon-Hee Kim2011*7の日本人46/157=29.3%を含む)
アイヌ17/20=85%(Tajima2004*8によればアイヌ14/16=87.5%、Hammer2006によれば3/4=75%)
北海道172/508=33.86%(Sato2014*9は札幌市(成人72/206=34.95%、学生100/302=33.11%))。
本州504/1495=33.71%(Tajima2004は本州30/82=36.59%、Sato2014は大阪市成人73/241=30.29%、金沢市(成人76/232=32.76%、学生97/298=32.55%)、川崎市学生106/321=33.02%、Nonaka2007は関東66/137=40.15%・本州西部26/97=26.8%、Hammer2006によれば青森県10/26=38.46%、静岡県20/61=32.79%)
四国137/458=29.91%(Sato2014は徳島市学生119/388=30.67%、Hammer2006によれば徳島県18/70=25.71%)
九州167/559=29.87%(Tajima2004は九州29/104=27.88%、Sato2014は福岡市成人34/102=33.33%、長崎市学生90/300=30%、Hammer2006によれば九州14/53=26.42%)
沖縄50/90=55.56%(Tajima2004によれば沖縄25/45=55.56%、Hammer2006によれば沖縄25/45=55.56%)
韓国人8/506=1.58%(Soon-Hee Kim2011)、漢民族1/2017=0.05%(Soon-Hee Kim2011は北京1/51、雲南省0/60、Tajima2004は北部漢民族0/49・台湾の漢民族0/21、Shi,Hong2008は北西部の漢民族0/614、北部漢民族0/454、南部漢民族0/768)。
北東アジア3/523=0.57%(韓国+中国北部の漢民族+満州人+満州のエベンキ+ブリヤート+ニヴフ+エベンキ+エヴェン+オロチョン。Hammer2006とTajima2004)。*10
オセアニア1/209=0.48%(インドネシア西部+オーストラリア+パプアニューギニア+ミクロネシア+ポリネシア+メラネシア。Hammer2006)。*11 戻る
 
D1bのサブクレードについては以下の通り。

・D1b1-M116

日本202/769=26.27%(Hammer2006は日本80/259=30.89%、Nonaka2007*12は関東55/137=40.15%・本州西部21/97=21.65%・その他10/29=34.48%、Tajima2004はアイヌ1/16=6.25%・本州14/82=17.07%・九州12/104=11.54%・沖縄人9/45=20%)。
オセアニア1/209=0.48%(インドネシア西部+オーストラリア+パプアニューギニア+ミクロネシア+ポリネシア+メラネシア。Hammer2006)。
北東アジア2/523=0.38%(韓国+中国北部の漢民族+満州人+満州のエベンキ+ブリヤート+ニヴフ+エベンキ+エヴェン+オロチョン。Hammer2006とTajima2004)。*13 戻る

・・D1b1a-M125

下位サブクレードを含めると、
日本人129/769=16.78%(Hammer2006は日本37/259=14.29%、Tajima2004はアイヌ1/16=6.25%・本州14/82=17.07%・九州12/104=11.54%・沖縄人9/45=20%、Nonaka2007は関東37/137=27.01%・本州西部13/97=13.4%・その他6/29=20.69%)。
北東アジア2/523=0.38%(韓国+中国北部の漢民族+満州人+満州のエベンキ+ブリヤート+ニヴフ+エベンキ+エヴェン+オロチョン。Hammer2006とTajima2004)。*14 戻る

・・・D1b1a1-P42

日本6/259=2.32%(Hammer2006)。*15 戻る

・・・D1b1a2-IMS-JST022457

日本54/263=20.53%(Nonaka2007によれば関東35/137=25.55%、本州西部13/97=13.4%、その他6/29=20.69%)。 戻る
・・・・・D1b1a2b1-CTS1982
Y-DNA D Haplogroup Project*16によると韓国人1人、ドミンゲスという名前の男性1人。現在の検出時点ではこの変異前後に日本から他国に移動した可能性はゼロではない。
・・・・・・・D1b1a2b1a1-CTS8093
日本人8人(Y-DNA D Haplogroup Project)。D1b1a2b1-CTS1982のサブクレードに当たるが、D1bが大量に且つどのサブクレードにもいるのは日本しかなく、これは日本に居残った者たちが進化したと考えるのが相当。
・・・・・・・D1b1a2b1a1a1-L137
日本人2人(Y-DNA D Haplogroup Project)

・・D1b1b-P120

戻る

・・D1b1c-CTS6609

戻る

・・・D1b1c1-CTS1897/CTS3097

日本人2人(Y-DNA D Haplogroup Project) 戻る
・・・・D1b1c1a-CTS11032
日本人2人(Y-DNA D Haplogroup Project)
・・・・D1b1c1d-CTS5641
日本人1人(Y-DNA D Haplogroup Project)
・・・・・・D1b1c1a1c-M151
日本0/263=0%(うち関東0/137、本州西部0/97、その他0/29。Nonaka2007)。

・D1b*-M55(xD1b1-M116)

日本26/522=4.98%(Hammer2006は10/259=3.86%、Nonaka2007は関東11/137=8.03%、本州西部5/97=5.15%、その他0/29=0%。)
北東アジア1/441=0.23%(韓国+中国北部の漢民族+満州人+満州のエベンキ+ブリヤート+エベンキ+エヴェン+オロチョン。Hammer2006)。*17 戻る

・・D1b2a-CTS220

戻る

・・・D1b2a2-CTS11285

日本人3人(Y-DNA D Haplogroup Project) 戻る
  
以上の検出を踏まえ、次からD1bの本題、日本人と上記民族文化の共通点比較に入ることになるのだが、今年は修正や追加入力で終わると思います。

*1:自説。残念ながら現時点では日本の人骨からY-DNAを検出するまでには至っていない。 なおmtDNAは検出されているが、それがD1bかどうかは議論の余地がある。また自説としてmtDNAは、人物特定や遺伝子治療には非常に役に立つが、人間より検証個体の多いネズミのDNA測定でハプログループの分岐や時期が事実とは全く異なっていたとされることから、たくさんあるDNAという文章の一部で肉体組成に関わるものであって、先祖のハプログループの分岐や時期を特定する類いの物ではないと考えている。ミトコンドリアは、細胞の生存・活性化に必要不可欠だが、人体の場所によって数が異なり、細胞質内に不特定多数存在して体重の10%をも占める。またガン細胞は周辺の正常な細胞のミトコンドリアを奪い増殖していることが明らかになっている。mtDNAは、数が特定され核で守られて人間そのものを構成する染色体よりもかなりミクロな部分での肉体的遺伝ではないかと考える。この細胞外に移動でき不特定多数というのが、1細胞に1つしかないY-DNA等染色体のDNAとは大きく異なるのである

*2:下記論文参照。当該論文を今後Shi,Hong2008と言います。Hong Shi,Hua Zhong,Yi Peng,Yong-Li Dong,Xue-Bin Qi,Feng Zhang,Lu-Fang Liu,Si-Jie Tan,Runlin Z Ma,Chun-Jie Xiao,R Spencer Wells,Li Jin and Bing Su"Y chromosome evidence of earliest modern human settlement in East Asia and multiple origins of Tibetan and Japanese populations" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2605740/

*3:下記論文参照。当該論文を今後Hammer2006と言います。Michael F Hammer,Tatiana M Karafet, Hwayong Park,Keiichi Omoto,Shinji Harihara, Mark Stoneking and Satoshi Horai"Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes" http://www.nature.com/jhg/journal/v51/n1/full/jhg20068a.html

*4:D1bだと言い切れる割合。下記参照

*5:D1bの可能性が高い割合。詳細はYAP(+)(Y染色体ハプログループD・D1・D2) - 日本とは何ぞや?Dの日本人参照

*6:下記論文参照。当該論文は今後Nonaka2007と言います。日本人263人のハプログループ分類、次いで日本人263人のうち、 関東地方137人(東京都51人+千葉県45人+神奈川県14人+埼玉県13人+茨城県5人+栃木県5人+群馬県4人)、 本州西部97人(長野県11人+富山県3人+岐阜県2人+石川県4人+滋賀県1人+京都府2人+大阪府2人+山梨県2人+静岡県12人+愛知県6人+三重県4人+和歌山県5人+兵庫県5人+鳥取県2人+岡山県6人+広島県3人+島根県3人+山口県2人+香川県4人+高知県1人+愛媛県4人+大分県3人+福岡県4人+熊本県3人+佐賀県2人+長崎県1人)を抜き出してハプログループ分類をしている。 その他(北海道3人+沖縄県1人+青森県3人+秋田県3人+宮城県7人+新潟県6人+福島県6人)として29人もあえて抽出する。I.Nonaka,K.Minaguchi,N.Takezaki"Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms" http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x/full

*7:下記論文参照。当該論文を今後Soon-Hee Kim2011と言います。Soon-Hee Kim,Ki-Cheol Kim,Dong-Jik Shin,Han-Jun Jin,Kyoung-Don Kwak,Myun-Soo Han,Joon-Myong Song,Won Kim and Wook Kim"High frequencies of Y-chromosome haplogroup O2b-SRY465 lineages in Korea: a genetic perspective on the peopling of Korea" http://investigativegenetics.biomedcentral.com/articles/10.1186/2041-2223-2-10 過去の自分たちの論文のデータをより新しいSNPで再分類。 過去の論文はKim SH, Han MS, Kim W, Kim W: Y chromosome homogeneity in the Korean population. Int J Legal Med. 2010、Kim W, Shin DJ, Harihara S, Kim YJ: Y chromosomal DNA variation in east Asian populations and its potential for inferring the peopling of Korea. J Hum Genet. 2000、Jin HJ, Kwak KD, Hammer MF, Nakahori Y, Shinka T, Lee JW, Jin F, Jia X, Tyler-Smith C, Kim W: Y-chromosomal DNA haplogroups and their implications for the dual origins of the Koreans. Hum Genet. 2003。

*8:下記論文参照。当該論文を今後Tajima2004と言います。Atsushi Tajima,Masanori Hayami,Katsushi Tokunaga,Takeo Juji,Masafumi Matsuo, Sangkot Marzuki,Keiichi Omoto and Satoshi Horai"Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages" http://www.nature.com/jhg/journal/v49/n4/full/jhg200432a.html

*9:下記論文参照。当該論文を今後Sato2014と言います。YOUICHI SATO,TOSHIKATSU SHINKA, ASHRAF A. EWIS,AIKO YAMAUCHI,TERUAKI IWAMOTO,YUTAKA NAKAHORI"Overview of genetic variation in the Y chromosome of modern Japanese males" https://www.jstage.jst.go.jp/article/ase/122/3/122_140709/_html

*10:0%は、東南アジア0/1072(台湾の原住民と漢民族、中国の北部・南部の漢民族とトゥチャ族・イ族・ミャオ族・ヤオ族・チワン族・シェ族、フィリピン、マレーシア、タイ、ベトナムインドネシア西部。Hammer2006とTajima2004)、中央アジア0/419(ウイグル、モンゴル、アルタイ、チベット。Hammer2006)、南アジア0/496(インド+スリランカ。Hammer2006)。

*11:以下は0%。上記以外の北東アジア0%(Soon-Hee Kim2011とTajima2004はブリヤート人0/97、Tajima2004はニヴフ0/21、Soon-Hee Kim2011はモンゴル人0/81・ハルハ0/45)。 中国の少数民族0%(Soon-Hee Kim2011は満州民族0/30・西安人0/34、Shi,Hong2008はダウール族0/4、エヴェンキ0/31、モンゴル人0/87、朝鮮民族0/46、満州人0/125、チベット民族0/594、回族0/24、トゥチャ族0/116、チャン族0/27、イ族0/54、ペー族0/199、ハニ族0/42、ナシ族0/87、プミ族0/47、ラフ族0/78、トーロン族0/30、リス族0/50、ヌー族0/52、アチャン族0/40、チンプオ族0/50、プイ族0/123、チワン族(スペルミスか)0/116、タイ族0/176、トン族0/147、コーラオ族0/14、リー族0/55、ムーラオ族0/78、マオナン族0/15、スイ族0/95、ミャオ族0/212、シェ族0/12、ヤオ族0/284、トーアン族0/45、ワ族0/31、プーラン族0/29)。 東南アジア0%(Tajima2004は台湾原住民0/223・マレーシア0/12、Tajima2004とSoon-Hee Kim2011でタイ0/74・フィリピン0/114、Soon-Hee Kim2011はインドネシアのジャワ島0/37、ベトナムハノイ0/48、Thangaraj2003はオンゲ族0/23、ジャラワ族0/4、南・中・北アンダマン島に住む人0/10、ニコバル人0/11)。 南アジア0%(Gayden2007はタマン族0/45、ネワール族0/66、カトマンズ0/77、チベット0/156)。 Thangaraj2003はアンダマン・ニコバル諸島のハプログループを分類した論文。Kumarasamy Thangaraj,Lalji Singh,Alla G. Reddy,V.Raghavendra Rao,Subhash C. Sehgal,Peter A. Underhill,Melanie Pierson,Ian G. Frame,Erika Hagelberg"Genetic Affinities of the Andaman Islanders, a Vanishing Human Population" http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(02)01336-2 Gayden2007はネパール周辺のハプログループを分類した論文。Tenzin Gayden,Alicia M. Cadenas,Maria Regueiro,Nanda B.Singh,Lev A. Zhivotovsky,Peter A. Underhill,Luigi L.Cavalli-Sforza,and Rene J.Herrera"The Himalayas as a Directional Barrier to Gene Flow" https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1852741/?tool=pmcentrez

*12:下記論文参照。当該論文は今後Nonaka2007と言います。日本人263人のハプログループ分類、次いで日本人263人のうち、 関東地方137人(東京都51人+千葉県45人+神奈川県14人+埼玉県13人+茨城県5人+栃木県5人+群馬県4人)、 本州西部97人(長野県11人+富山県3人+岐阜県2人+石川県4人+滋賀県1人+京都府2人+大阪府2人+山梨県2人+静岡県12人+愛知県6人+三重県4人+和歌山県5人+兵庫県5人+鳥取県2人+岡山県6人+広島県3人+島根県3人+山口県2人+香川県4人+高知県1人+愛媛県4人+大分県3人+福岡県4人+熊本県3人+佐賀県2人+長崎県1人)を抜き出してハプログループ分類をしている。 その他(北海道3人+沖縄県1人+青森県3人+秋田県3人+宮城県7人+新潟県6人+福島県6人)として29人もあえて抽出する。I.Nonaka,K.Minaguchi,N.Takezaki"Y-chromosomal Binary Haplogroups in the Japanese Population and their Relationship to 16 Y-STR Polymorphisms" http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-1809.2006.00343.x/full

*13:0%は、東南アジア0/1072(台湾の原住民と漢民族、中国の北部・南部の漢民族とトゥチャ族・イ族・ミャオ族・ヤオ族・チワン族・シェ族、フィリピン、マレーシア、タイ、ベトナムインドネシア西部。Hammer2006とTajima2004)、中央アジア0/419(ウイグル、モンゴル、アルタイ、チベット。Hammer2006)、南アジア0/496(インド+スリランカ。Hammer2006)。

*14:0%は、東南アジア0/1072(台湾の原住民と漢民族、中国の北部・南部の漢民族とトゥチャ族・イ族・ミャオ族・ヤオ族・チワン族・シェ族、フィリピン、マレーシア、タイ、ベトナムインドネシア西部。Hammer2006とTajima2004)、中央アジア0/419(ウイグル、モンゴル、アルタイ、チベット。Hammer2006)、南アジア0/496(インド+スリランカ。Hammer2006)、オセアニア0/209(インドネシア西部+オーストラリア+パプアニューギニア+ミクロネシア+ポリネシア+メラネシア。Hammer2006)。

*15:0%はHammer2006によると北東アジア0/441(韓国+中国北部の漢民族+満州人+満州のエベンキ+ブリヤート+エベンキ+エヴェン+オロチョン)、東南アジア0/683(台湾、中国南部の漢民族とトゥチャ族・イ族・ミャオ族・ヤオ族・チワン族・シェ族、ベトナム、マレーシア、フィリピン、インドネシア西部)、中央アジア0/419(ウイグル、モンゴル、アルタイ、チベット)、南アジア0/496(インド+スリランカ)、オセアニア0/209(インドネシア西部+オーストラリア+パプアニューギニア+ミクロネシア+ポリネシア+メラネシア

*16:以下このプロジェクトをY-DNA D Haplogroup Projectと言います。 https://www.familytreedna.com/public/Dhaplogroup?iframe=yresults

*17:0%はHammer2006によると、東南アジア0/683(台湾、中国南部の漢民族とトゥチャ族・イ族・ミャオ族・ヤオ族・チワン族・シェ族、ベトナム、マレーシア、フィリピン、インドネシア西部)、中央アジア0/419(ウイグル、モンゴル、アルタイ、チベット)、南アジア0/496(インド+スリランカ)、オセアニア0/209(インドネシア西部+オーストラリア+パプアニューギニア+ミクロネシア+ポリネシア+メラネシア